在生物有機肥的發酵過程中，可以使用多種微生物，主要包括以下幾類：

1、細菌：

乳酸菌：可促進有機物的分解，提高肥料的營養價值。

芽孢桿菌：具有良好的耐熱性，能有效分解有機物質。

硝化細菌：幫助轉化氨氮為硝態氮，增加肥料的氮素利用率。

2、真菌：

酵母菌：在發酵過程中產生有機酸，促進有機物的分解。

木霉菌：能有效分解纖維素，提高堆肥的腐熟度。

3、放線菌：

這些微生物能夠分解復雜的有機物，并產生一些抗生素，抑制有害病原菌。

4、藻類：

某些藻類（如藍綠藻）可以在有機肥中提供額外的營養成分，并改善土壤結構。

5、復合微生物菌劑：

市場上也有專門的復合微生物菌劑，包含多種有益微生物，能夠協同作用，提高發酵效率和肥料質量。

這些微生物在發酵過程中相互作用，有助于提高肥料的氮、磷、鉀含量及其他微量元素的釋放，促進作物生長。